根管治疗第二次进行时有钻心的疼痛，可能是牙髓的活力仍然存在，因为第二次进行根管预备的时候，尤其是根管深处的牙髓可能还有活力，在这种情况下进行根管预备祛除残留的牙髓组织，会产生比较明显的疼痛。
针对这种疼痛可以进行局部麻醉下来祛除残留的有活力的牙髓组织，也可以再次封药，封入失活剂，对牙髓进行彻底的失活，在失活之后再祛除牙髓组织进行根管预备，就可以减轻疼痛。根管治疗第一次在牙髓有活力的情况下，通常是先放置失活剂，让牙髓进行失活，失活之后再祛除牙髓组织，所以在第二次进行根管预备的时候，有可能牙髓仍然有活力，在这种情况下就会产生明显的疼痛。