流行性乙型脑炎最常见的并发症，主要表现为严重的肺部感染、肺炎、尿路感染、应激性上消化道出血，以及长期卧床导致褥疮、营养不良、水电解质平衡失调紊乱等并发症。
因为乙型脑炎多见于夏秋季的蚊虫传播，主要经过表现为高热、昏迷、惊厥及脑膜刺激征症状。脑炎严重的并发症还会出现脑髓中枢导致的呼吸循环衰竭，因为脑干的生命中枢受到影响，还会出现癫痫发作的症状，出现四肢抽搐、意识障碍等症状。