成人腺垂体功能减退症最常见的病因是垂体瘤，成人腺垂体功能减退症的病因，包括垂体本身病变导致的原发性腺垂体功能减退，以及由于下丘脑以上的神经病变，或垂体门脉系统障碍导致的继发性腺垂体功能减退。
主要发病机制包括遗传因素、肿瘤、垂体缺血性坏死、下丘脑病变、手术创伤、放射性损伤、垂体的感染和炎症等，垂体瘤是成人腺垂体功能减退最主要的原因。如果垂体突然出现出血增大，压迫正常垂体组织和邻近组织，会出现急症的危象称为垂体卒中，可以表现为性腺、甲状腺、肾上腺功能减退等相关的临床症状。