女性沙眼衣原体感染主要表现为尿频、尿急、尿痛及排尿困难，白带变为黄色，并有强烈的臭味、阴道肿胀、伴有性交痛，有时还会出现肛门瘙痒。
沙眼衣原体是最常见的致病性衣原体，流行于世界各地，主要引起沙眼及包涵体结膜炎，也可导致泌尿生殖系统的感染，如性病淋巴肉芽肿以及男性尿道炎、前列腺炎、附睾炎、直肠炎，女性的尿道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、输卵管炎、异位妊娠及宫腔内感染等，泌尿生殖系的单衣原体感染主要通过性接触传播。另外，间接接触被沙眼衣原体污染的毛巾、洗浴用品也可进行传播，感染沙眼衣原体的妇女在妊娠和分娩期间还可将衣原体传播给胎儿或新生儿，引起结膜炎及肺炎等病。