膜周部室间隔缺损患者治疗方式，大致可以分为保守治疗与外科治疗两大方式。在医学临床上，部分婴儿膜周部室间隔缺损面积较小患者，可通过药物治疗、预防治疗等保守治疗方式达到完全治愈的目的。
药物治疗可以选用强心苷、利尿剂、ACE抑制剂等类型进行对症治疗，如地高辛、氢氯噻嗪、卡托普利。对于缺损面积较大或者药物治疗欠佳患者，可以采取外科手术的方式进行修复治疗。对于外科手术，需要心肺机并进行正中胸骨切开术。 经皮血管内手术的侵入性较小，可以在跳动的心脏上进行。对于此类病症患者，日常生活中要避免进行剧烈活动，以免加重病症。