亚临床甲减大多数不能治愈，但是由于药物或者是炎症引起的一过性的亚临床甲减，有甲状腺功能彻底恢复正常的可能。亚临床甲减可以导致血脂异常，促进动脉粥样硬化的发生、发展，部分亚临床甲减还可以发展为临床甲减。
重度的亚临床甲减，即TSH≥10的患者，建议给予左甲状腺素片进行替代治疗，治疗的目标与临床甲减是一致的。轻度的亚临床甲减，即TSH<10的患者，如果伴有甲减的症状，如Tpo抗体阳性、血脂异常或者动脉粥样硬化性疾病，应该给予左甲状腺素片进行治疗，在治疗的过程中要监测TSH，避免过度治疗。