泛昔洛韦和阿昔洛韦没有一个头对头的比较，哪个疗效会更好？从药物发展的迭代关系上来说，泛昔洛韦出现的会更晚一些，可能它的疗效也会比阿昔洛韦要好一些，也就是说对它耐药的病毒要比阿昔洛韦少一些。
泛昔洛韦和阿昔洛韦的适应症都是相同的，都是适应于带状疱疹和原发性生殖器疱疹感染的治疗，都是两个抗病毒的药物。阿昔洛韦本身就具有活性，能够直接治疗这种单纯疱疹病毒感染，或者带状疱疹的感染。而泛昔洛韦在体内需要经过代谢转化，转化为喷昔洛韦之后，才能够起到抗病毒的作用。虽然泛昔洛韦可能疗效要比阿昔洛韦要强一些，但是事实上，如果常见的某一些病毒缺乏胸苷激酶的话，对阿昔洛韦耐药，往往对泛昔洛韦也是耐药的，或者疗效不佳。这种情况下，需要对病毒的耐药性做一个鉴别诊断。