桥本甲状腺炎起病隐匿，早期没有典型的临床症状，少数患者会出现甲状腺毒症的表现，进展时会出现甲状腺肿和甲减的症状。桥本甲状腺炎典型的症状就是甲状腺肿大，和甲状腺功能减退的相关症状。
70%的患者是因为甲状腺肿大而就诊，少数出现压迫的症状。如果压迫到气管可以出现呼吸困难，压迫食管可以出现吞咽困难，压迫声带可以出现声带麻痹，压迫血管出现面部水肿等。20-30%的桥本甲状腺炎患者首次就诊即表现为甲减，或者是在疾病的后期发展为甲减。甲减的患者主要表现为甲减的低代谢症候群，以及交感神经兴奋性下降的症候群，也可以累及到多个系统。