不同的病人，感觉是不同。有些人只是肚子有点胀，没有疼痛的感觉。有些人痛的难以忍受，无法完成肠镜检查。因为结肠是一条弯弯曲曲的管道，不同的人弯曲程度不同，在做肠镜时需要把弯曲的肠管取直。
镜子在肠道拐弯处碰到肠壁时病人会有疼痛不适的感觉。对于弯曲程度较小的病人，肠道比较容易取直，病人疼痛程度就轻。如果弯曲度较大，特别是拐弯处是很小的锐角时镜子勾拉肠子，取直比较困难，这时疼痛相对比较重。
疼痛程度也与病人的痛觉阈值有关，一样的牵拉疼痛刺激，如果痛觉阈值高，那么疼痛就轻，相反则疼痛比较重，不过大多数病人可以忍受肠镜检查。