引起脑干出血最常见的原因就是高血压合并细小动脉硬化，当供应脑干的血管，如基底动脉，大脑后动脉这样的血管出现了硬化，导致血管破裂出血就会引起脑干出血。脑干出血还有另外一个常见的原因就是海绵状血管瘤。海绵状血管瘤很容易发生在脑干这个部位，从而引起脑干出血。其他的原因还包括动静脉血管畸形、脑血管淀粉样变、脑底异常血管网病，这些都是由于脑血管的病变而导致的脑出血。其他还有全身系统的疾病，最多见的就是血液病，血液系统很多疾病都会导致脑干出血，比如白血病、血小板减少性紫癜、再生障碍性贫血，这些疾病容易导致凝血功能发生异常，从而导致脑干出血。在做抗凝或者溶栓治疗的病人，也容易发生脑干出血。