糜烂性食管炎一般治疗疗程需要八周左右，糜烂性食管炎主要是胃酸反流进入食管，引起的食管黏膜损伤，故治疗的重点是抑制胃酸、保护食管黏膜、减少胃酸的反流。
临床上使用的药物有PPI，加胃黏膜保护剂加促动力的药，其中PPI以奥美拉唑、潘托拉唑、雷贝拉唑、艾普拉唑等药物为代表。
胃黏膜保护剂有硫糖铝、磷酸铝凝胶、胃铋镁、聚普瑞锌等。促动力的药物有吗叮啉、依托比利、莫沙比利等等。