有些情况下肝内钙化灶和肝内胆管结石可以区分出来，比如肝内钙化灶表现为孤立性病变或者散在分布的病变，而肝内胆管结石有可能局限性沿胆管走行分布，甚至会伴有局限性胆管狭窄、局限性胆管扩张。临床上肝内钙化灶并不会出现明显的临床症状，特别是孤立性钙化灶，肝功能也正常，而肝内胆管结石可能出现较为明显的腹痛、发热，肝功能也会出现显著的异常，这些是区别肝内钙化灶和肝内胆管结石的主要依据。
肝内钙化灶和肝内胆管结石有时很难区别，特别是对于直径较小的肝内钙化灶或者肝内胆管结石。如果患者没有临床症状，无论是小的肝内钙化灶还是小的肝内胆管结石，都可以定期随访观察，并不需要特殊的处理。