海绵窦血栓性静脉炎的治疗方法，主要是应用抗生素。但在特殊的情况下，可能也需要抗凝或者是外科手术进行辅助治疗，抗生素可能是对感染的病原体，使用大剂量的静脉治疗。
由于血栓可能会使抗生素的渗透受限，所以推荐延长大剂量使用抗生素的治疗时间，一般情况下可能需要至少三周，经验性的治疗，包括使用万古霉素以及其他治疗耐药菌感染的一些抗生素。虽然抗凝治疗，在海绵窦血栓性静脉炎中并没有作为标准的指南出现。
但有一些研究显示，使用肝素进行治疗的病人中死亡率会显著降低，而在病人病情进展到确诊为蝶窦感染时，应考虑进行外科手术、进行引流，这样可以使病情迅速改善，而避免发生死亡的后果。