肩周炎的鉴别诊断非常的复杂，凡是能引起肩关节周围的疼痛，或者牵涉性疼痛的以及麻木的疾病，都应该与肩周炎进行鉴别诊断。
颈椎病与肩周炎应该区别开来，肩周炎是五十肩、凝肩，是粘连性的肩关节囊炎，最主要特征是肩关节周围的疼痛，同时伴有肩关节的活动障碍，尤其是主动的外展、外旋或者内收的动作受到明显的限制，所以病人不能梳头，女性朋友不能系后带，这是最明显的肩周炎的特征。而颈椎病不伴有肩关节活动受限，而是颈椎的活动受限，所以简单通过这些活动度的检查就能够鉴别出来，同时要看其它神经损伤的体征，或者再进行影像学的检查。
肩袖的损伤、肩峰下撞击征，也会引起肩关节的疼痛。非常常见的是肩峰下撞击征，当外展肩关节的时候，会出现疼痛弧，大概60-120度。这个疼痛弧就是因为肩峰下撞击，从而会产生肩袖的损伤，将冈上肌腱的撕裂，也可引起继发性的肩周炎、冻结肩，所以这些疾病既有可能是因也可能是果。
一些肩关节的肿瘤疾病也应予以鉴别，如果是肺癌或者是颈部的淋巴结肿大，都可能产生颈肩部的疼痛，要注意进行鉴别诊断，所以肩周炎应该在诊断的时候做X光片，必要的时候做核磁检查，同时物理查体也是非常重要的。