无痛人流手术后三天小腹疼痛的原因具体如下：
1、如果是下腹部隐隐的痛，一阵一阵的痛，像来月经痛经时样的症状为正常，因为无痛人流手术后，子宫在慢慢地收缩，慢慢恢复正常大小，所以女性可能会有这种痛经，或者是下腹部疼痛的症状，但是疼痛的症状一般不明显，是隐隐的疼痛，有利于子宫恢复大小。
2、如果流产后三天，下腹部疼痛难忍、拒按，或者是有发烧的症状，这种情况有可能是残留，甚至是感染导致，需要到正规医院尽快看急诊，如果有感染的情况，那可能要尽快配合抗生素进行抗炎治疗。
下腹部疼痛的症状不同，原因也不同。