生化妊娠的原因并不明确，大部分与胚胎自身发育不良相关，比如染色体异常，属于自然界的优胜劣汰。生化妊娠是特殊类型的流产，是最早期的流产，孕囊尚小，B超还没有发现时就随着阴道出血排出体外，表现为血尿HCG一过性阳性，随着阴道出血转为阴性。生化妊娠如果偶然发生，一般不需要查找原因，如果连续两次以上发生，要查找原因。
当然大部分情况下查不到原因，需要检查男女双方染色体，除外染色体异常。要检查妈妈的B超，除外纵隔子宫、子宫内膜息肉、子宫肌瘤等宫腔病变，必要时要手术治疗。要检查女性的内分泌和免疫功能，除外卵巢黄体功能不健、抗磷脂综合征等特异疾病，对于这些疾病，一般要在下次妊娠时给予补充孕激素或者抗凝治疗。