乙脑和流脑属于中枢神经系统感染性疾病，两者有一定的区别。乙脑由乙型脑炎病毒引起的急性传染病，一般通过蚊虫叮咬的方式进行传播。
而流脑由于脑膜炎的双球菌感染引起，传播的途径主要是通过呼吸道，病原菌从鼻咽部侵入血液循环系统形成菌血症，最后病变局限于脑膜及脊髓膜。
乙脑与流脑的主要区别在于乙脑的发病季节多在7-9月份，而且脑实质的损害比较严重，临床表现为昏迷、惊厥比较多见，但是皮肤一般没有瘀斑和瘀点且脑脊液比较澄清。