鳞癌和腺癌的恶性程度比较起来，鳞癌的恶性程度更高，鳞癌转移的速度比较慢，对放疗、化疗的敏感性比较差，但是往往没有明确的基因突变，所以使用靶向药物的机会比较少，而腺癌虽然恶性程度比较低，但是容易发生早期的转移和发生突变的几率比较高，因此可以使用靶向药物。
若肺腺癌和鳞癌比较起来，肺腺癌有50%-60%左右的突变几率，因此可以使用针对EGFR基因突变或者是ALK通路的靶向药物来达到很好的控制肿瘤效果。因此鳞癌和腺癌比较起来，鳞癌的恶性程度更高，但是基因突变的几率低，而腺癌虽然恶性程度较低，但是可以有比较多的基因突变。