乳糖酶一般口服以后没有太大的副作用，个别人服用后会出现稍微的恶心和胃部的不适。如果长期、大剂量的摄入乳糖酶，会出现腹部不适、胃肠胀气、厌食、恶心、呕吐、腹泻等症状，可以减量用药。
另外，建议服用乳糖酶的时候，应该在饭后半小时再服用，不要空腹服用或者饭后立即服用，饭后半小时服用以后胃部不适的症状就会缓解。另外，乳糖酶的服用需要多少疗程，一定要在医生的指导下进行。