治疗包皮尖锐湿疣的方法包括药物疗法、物理疗法和手术疗法，药物疗法主要针对轻度的尖锐湿疣，当疣体直径小于10毫米，并且疣体面积小于10平方毫米时，可以采用5%的鬼臼毒素酊涂抹在患处，也可以采用5%的咪喹莫特霜以及80%-90%的三氯醋酸进行治疗，但是需要在医生的指导下去使用。
物理疗法是指通过激光或者冷冻的技术，使疣体组织坏死并且脱落，一般要进行多次治疗。手术治疗尖锐湿疣主要是针对疣体较大，直接将疣体切除或者分批切除，对于长在多余包皮上的疣体组织，建议可以做包皮环切术，切除多余包皮的同时，也就将疣体一并切除。