脚上有灰指甲，建议早期积极有效的治疗。因为药物不容易进入甲板，并且脚上的趾甲生长比较缓慢，因此灰指甲的治疗比较困难。其中治愈的关键在于坚持用药，常用的外用药物有阿莫罗芬涂剂或者可以用3%-5%的碘酊，适合于白色浅表型和远端侧位甲下型的患者。
用药之前需要先用小刀或者指甲锉尽可能的去除病甲，再外用3%-5%的碘酊，2次/天，疗程3-6个月，一直到长出新趾甲为止。也可以用40%的尿素软膏，封包有病的趾甲，软化趾甲，再外用抗真菌制剂如5%的阿莫罗芬搽剂等，疗程为2-3个月。但是在治疗时要注意预防细菌感染。
如果患者外用药物无效，或者近端甲下型的患者，可以考虑给予系统口服抗真菌药物，例如伊曲康唑间歇冲击疗法，脚趾甲需要3-4个疗程。或者特比萘芬连续服用，脚趾甲需要治疗12-16周，系统口服药物时，与外用药物联合治疗可以提高疗效。