肺部的疾病检查可以通过一系列综合方式明确，对于感染因素所导致，比如细菌、病毒、结核分枝杆菌，可以检测血常规，拍双肺的CT。必要时还可以进行PPD试验，取气道的分泌物，比如痰液进行病原体的培养明确病因。
针对于气胸、支气管扩张及肺泡蛋白沉积症等，都可以选择进行双肺CT，必要时还可以取气道内的活组织做病理学的检查明确。
此外，支气管哮喘、喘息性支气管炎以及过敏性肺炎、嗜酸性粒细胞性肺炎，也可以联合检查肺功能明确。