子宫内膜异位症的根本治疗目的是缩减和祛除病灶，减轻和控制疼痛，治疗和促进生育，预防和减少复发。治疗的方法根据患者的年龄、症状、病变位置和范围，以及对生育的要求而加以选择。强调治疗是个性化的，症状轻或者无症状的轻微病变可选择期待治疗。
有生育要求的轻度患者经过全面诊断评估后可以给予药物治疗，重症者可以行保留生育功能的手术。年轻无生育要求的重度患者可行保留卵巢功能的手术，并辅以集束治疗。症状及病变均严重的无生育要求者，可以考虑根治性的手术治疗。