小脚趾疼痛常见的原因有以下几个：
第一、损伤和劳损。由于小脚趾的解剖特点比较细小，而且处于足的外侧，是一个负重区域，常常会遭受超负荷的慢性劳损，从而出现疼痛。再由于它位于脚的边缘，容易受到踢、磕、碰的外伤，造成损伤性的疼痛。
第二、见于感染。小脚趾由于经常遭受挤压，局部皮肤会遭受损伤，在周围环境潮湿或者细菌侵入时，容易造成感染性的疼痛，一般会伴有红、肿、热、痛等症状。
第三、见于全身代谢性疾病，比如糖尿病、痛风，也会在肢体小脚趾的部位出现疼痛。糖尿病是由于末梢神经炎，周围组织血液循环不良。痛风是由于尿酸盐的沉积导致的，但是比较少见。
第四、肿瘤，小脚趾的肿瘤比较少见，常见的比如血管瘤，趾骨的内生软骨瘤等。
第五、小脚趾的畸形，由于小脚趾长期受压造成的骨质发育不良或者骨质的畸形，从而出现疼痛。