小儿内科最常见的疾病是呼吸道系统疾病，比如急性上呼吸道感染、支气管炎、气管炎、肺炎、支气管哮喘这些呼吸道疾病。还有消化系统疾病，消化系统疾病最常见的是腹泻、胃炎、肠炎、消化不良、腹痛、便秘等。另外，还有泌尿系统疾病，肾小球肾炎、肾病综合征，还有其他系统疾病，比如神经系统方面的疾病，癫痫、脑炎。
另外，还可以见于常见的呼吸道传染病，比如幼儿急疹、风疹、猩红热、手足口病、水痘、流行性腮腺炎，这些是呼吸道常见的传染性疾病。还有其他免疫性疾病，比如风湿热，还有过敏性疾病，如荨麻疹。还有其他类似的疾病，比如血小板减少性紫癜、过敏性紫癜，这些都是小儿内科常见的疾病。