异位内膜在卵巢皮质内生长形成单个或多个囊肿，称为卵巢子宫内膜异位囊肿，囊肿表面呈灰蓝色，大小不一，直径多在5cm左右，大致10-20cm。
典型情况下，陈旧性血液聚集在囊内，形成咖啡色黏稠液体似巧克力样，俗称卵巢巧克力囊肿，因囊肿周期性出血，囊内压力增大，囊壁易反复破裂，破裂后囊内容物刺激，腹膜发生局部炎性反应和组织纤维化，导致卵巢与邻近器官组织紧密粘连，造成囊肿固定不活动，手术时囊壁极易破裂，粘连是卵巢子宫内膜异位囊肿的临床特征之一。