眼球发棕色可以由多种原因造成，一部分为生理性原因，另一部分为病理性原因，并不都属于正常的现象，具体如下：
第一、由于虹膜组织中色素比较浅造成，属于生理性现象，在我国少数民族人群最为常见。
第二、由于虹膜异色性葡萄膜炎造成，属于自体免疫反应性炎症，为病理性改变，会累及虹膜组织，导致虹膜脱色素，从而可使眼球颜色变浅，表现为棕色。
第三、由于神经纤维瘤病导致，属于遗传性疾病。病变波及到虹膜组织，会引起虹膜颜色发黄棕。如果累及到巩膜组织，也会导致白眼球上出现棕黄色斑块。
第四、由于色素播散性青光眼造成，虹膜组织向晶状体方向膨隆，与晶状体悬韧带摩擦，可导致大量虹膜色素脱失，也会导致眼睛看起来颜色为棕色。