是否能根治需要看病因是什么，如果是因为感染性的直肠炎，包括病毒感染以及细菌感染是能够根治的。病毒感染虽然无特效的抗病毒药物，但是病毒感染是可以自愈的，主要是对症治疗。
而细菌感染需要借助抗生素，最常用的是喹诺酮类药物以及甲硝唑。如果是便秘引起的肠道黏膜的损伤，需要解决便秘的问题，直肠炎才能够得到治愈。
如果是自身免疫紊乱造成的溃疡性结肠炎，这种疾病是不能得到彻底根治的，只能通过药物治疗来维持缓解。常用的药物是美沙拉嗪口服，以及栓剂或者灌肠剂，并且还需要定期复查肠镜，观察病变恢复的情况。