卵巢巧克力囊肿即囊肿，其内容物当中为巧克力样液体，是子宫内膜异位症导致的，通常其治疗方法根据囊肿的大小，波及到盆腔的程度以及患者对生育的要求决定。
一般比较大的卵巢囊肿，即大于5cm的囊肿，有不孕的女性或者症状比较重，怀疑局部病变比较重时，可以采用腹腔镜进行手术治疗，腹腔镜手术治疗包括肿物剥除、附件切除以及子宫加附件的切除。如果囊肿比较小，生育要求还不明确时，也有使用激素类药物进行治疗，如使用避孕药或者其他的药物。如果是绝经以后的女性，一旦出现囊肿，尽量需要腹腔镜进行切除，避免恶变。
总之，卵巢巧克力囊肿对机体的影响是比较大的，特别是对怀孕的影响比较大，所以应该积极治疗。