甲状腺疾病主要分为甲状腺功能亢进、甲状腺功能降低两种情况，这两类的治疗方向不同，治疗药物也不相同，但是感染可能也会引起甲状腺功能异常。甲状腺功能亢进时应使用抗甲亢的药物进行治疗，如果此类药物对其作用不大，还可使用碘-131治疗或者手术治疗，而进行碘-131治疗或者手术治疗后可能需要终身服用药物维持。
甲状腺功能降低治疗时首选药物为左甲状腺素钠片，左甲状腺素钠片可缓解因甲状腺分泌激素减少而导致的身体变化。患者只是因为感染而出现甲状腺功能亢进或者减退时，可使用激素治疗，比如亚急性甲状腺炎等，此类疾病用药后可缓解症状甚至痊愈。