体检查肛门时主要查内外痔、肛裂、肛瘘，有无直肠脱垂、肛旁脓肿、肛门尖锐湿疣、肛门肿瘤等疾病，直肠指检检查是否有直肠息肉、直肠癌，判断癌的大小、位置、与肛门的距离。
通过直肠直检可以触及女性的子宫颈、子宫，还可以判断男性的前列腺大小、前列腺表面光滑情况、前列腺软硬度。肛门体检可以检查肛周脓肿的位置、大小，判断肛门周围有无其他感染性疾病、内痔突出的严重程度，对内痔、外痔、肛瘘以及肛裂的分型、分类。