百日咳是一种具有高度传染性的急性呼吸道疾病，近年来儿童百日咳发病率逐渐升高，小婴儿比较容易出现并发症，常见的并发症有呼吸暂停、肺炎、百日咳脑病，还有可能出现结膜下出血、脐疝、气胸等气压性的损伤，往往比较严重，而且病死率比较高。
少部分患儿会出现肺动脉高压，特别是患有先天性心脏病的患儿，严重的肺动脉高压会导致患儿的急性猝死。总之，儿童百日咳主要并发症出现在呼吸系统、神经系统、心血管系统以及消化系统这四大系统上，家长要给予重视，积极的给予预防治疗。