子宫颈的囊肿绝大多数情况下是由于宫颈的生理性变化，子宫颈转化区内鳞状上皮取代柱状上皮的过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口，或者伸入腺管，将腺管口堵塞，导致腺体分泌物引流受阻，形成潴留囊。
子宫颈局部损伤或者子宫颈慢性炎症，导致腺管口狭窄，导致子宫颈腺囊肿形成。子宫颈腺囊肿一般不需要特别处理，但是深部的子宫颈腺囊肿，宫颈表面无异常，表现为子宫颈肥大，应与子宫颈腺癌进行鉴别。如果分泌物增多，还需要化验白带，进行阴道炎的排查。