脊索瘤的生存时间主要取决于治疗方法、肿瘤的恶性程度以及复发速度、病人的自身体质，一般在十年以上。
脊索瘤预后较差，如果不治疗，诊断后患者的期望寿命在6-24个月之间，但是不管采用何种治疗方案，脊索瘤的局部复发率仍然很高，预后欠佳。及时采用目前主张的手术联合放射治疗计划，5年复发率可高达60%-70%，而不完全切除加放射治疗的复发率更高，有报道称术后2-3年内为80%-100%的复发率，是引起病人术后死亡的重要原因。术后患者需要定期影像学随访及进行复发的监测。颅底肿瘤的转移或播散并不常见，因此更彻底的治疗也许可以提高患者长期生存率。
患者恢复期间可以适当进行功能锻炼，增加运动量，提高患者的身体抵抗力和免疫力，还可配合针灸、按摩等多种方法，活血化瘀；患者在卧床休息时要注意经常翻身，以减轻局部组织的受压，防止褥疮；患者卧床太久可能会导致排痰不畅以及坠积性肺炎，所以要经常不断地换体位。