宫颈癌疫苗的副作用很少，宫颈癌疫苗和其他普通疫苗一样，并没有很明显的不良反应，只有一少部分人因体质不同出现一些不舒服的情况。其明显不适就是在接种部位会出现红、肿和硬结，有疼痛感是常见副作用之一，以上症状1-3天之内可以自然消退。
有的人打完疫苗会有恶心、呕吐、头晕、乏力、胃肠道不舒服等症状，少部分人可能会出现身体发热、皮肤瘙痒、红疹，肌肉、关节疼痛，或者头晕的感觉。还有极少部分人会出现过敏性反应，导致短暂性昏厥。如果对疫苗中某些成分过敏，不可以打疫苗，对蛋白过敏也不能注射疫苗，以免发生过敏反应。