男性的膀胱结石，主要疼痛部位位于下腹部及会阴部。由于结石在膀胱内刺激膀胱黏膜造成下腹部疼痛，或者在排尿的过程中结石刺激后尿道，引起会阴部以及阴茎根部疼痛。
膀胱结石分为原发性膀胱结石和继发性膀胱结石，原发性膀胱结石是指在膀胱中形成的结石，而继发性膀胱结石通常是由肾脏通过输尿管排入膀胱，这时患者可能会先有腰痛的症状，进而出现下腹部疼痛。因此，男性膀胱结石疼痛的部位，根据结石所在的位置不同，产生症状的不同。