十二指肠球部溃疡的主要病因是幽门螺杆菌的感染，因此十二指肠球部溃疡的治疗通常是进行两周的幽门螺杆菌的杀灭。
通常应用的药物是四联疗法，也就是一种质子泵加上铋剂，再加上两种抗生素，这样服用两周以后再用抑制胃酸的药和胃黏膜的保护药来促进溃疡的愈合。后面的疗程一般是2-4周的时间，溃疡基本上可以愈合。
所以十二指肠球部溃疡的用药分两个阶段，第一个阶段是前两周的幽门螺杆菌的杀灭工作，就是用四联疗法两周的疗程进行幽门螺杆菌的杀灭。杀灭以后再继续用2-4周质子泵抑制剂和胃黏膜保护剂来进行治疗，促进溃疡的愈合。