埃博拉病毒之所以会破坏人的内脏器官，源于它对人体组织细胞的侵蚀，除了骨骼肌肉外，埃博拉病毒对人体任何其他组织和器官都会侵蚀破坏。首当其冲的是血细胞，当病毒将自身复制到血细胞种，血细胞便开始死亡并凝结在一起，凝块阻塞血管切断全身的血液供应，感染的器官开始出现死片，病毒蛋白质会攻击胶原，这是固定器官、连接组织的主要蛋白质。
当胶原变成浆状物，器官表面开始出现孔洞，包括皮肤。血从孔洞倾泻而出，皮肤下面出现血斑，液化的死皮在表面形成水疱。在这个阶段所有的孔窍都会渗血，同时皮肤和肌肉的表面隔膜开始炸裂，在身体内部心脏开始渗血，并将伸入周围的空腔。肝脏肿大开裂，然后开始化脓腐烂，肾脏失灵并塞满死细胞和血块。死亡凝结的血细胞到处都是，包括大脑，妨碍供养最终导致痴呆和大规模的癫痫发作。崩溃的血管和肠管不再固定在一起而涌入体腔，虽然在体液中漂浮，但组织自身是脱水的，无法执行其功能于是病人就会出现死亡。