巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，是指异位的内膜在卵巢皮质内生长形成单个或多个囊肿，称为卵巢子宫内膜异位囊肿，囊肿表面呈灰蓝色，大小不一，直径多在5cm左右，大致10-20cm。典型情况下，陈旧性的血液聚集在囊内形成咖啡色黏稠液体，似巧克力样，俗称卵巢巧克力囊肿。
因囊肿周期性的出血，囊内压力增大，囊壁易反复破裂，破裂后囊内容物刺激腹膜发生局部炎性反应和组织纤维化，导致卵巢与临近的器官、组织紧密粘连，造成囊肿固定、不活动，手术时囊壁极易破裂。