巧克力囊肿如果出现破裂，一般都是建议手术治疗的。由于巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，如果囊肿破裂，盆腔内可能会被子宫内膜所种植，出现继发性的痛经进行性加重。囊肿破裂后，手术时应该彻底的清洗盆腔以及腹腔，避免巧克力囊肿复发。另外，囊肿破裂时还有可能有大量的出血，也应该及时止血。囊肿破裂后，如果清理盆腹腔后观察没有明显的病灶，关腹后还应该建议患者使用3-6个月的性腺激素抑制剂，比如常用的戈舍瑞林或者是亮丙瑞林等等，这种药物使用后，可以出现假绝经的情况，抑制子宫内膜可以有效的预防子宫内膜异位症、巧克力囊肿等疾病的复发。