颈动脉剥脱术风险是较大的，颈动脉狭窄的病情因为复杂并发症多，且风险性大，治疗难度高，因此在做颈动脉内膜剥脱术时，其风险也是相对较高的。
因为在进行手术时常规要阻断15-20分钟来进行内膜剥脱，剥脱后还会有残留的斑块以及局部形成的微血栓，而造成了远端颈动脉的栓塞，同时在使用颈动脉转流管时还会造成气体栓塞，以及不必要的小血栓拴塞。
因此颈动脉手术内膜剥脱，轻者会造成脑梗塞的症状，严重的还会造成患者的昏迷，甚至影响到呼吸和心跳中枢，同时在显露颈动脉过程中可能会造成颈动脉周围组织的损伤，特别是颈部神经损伤较多，还可以造成术后患者饮水呛咳，甚至声音嘶哑等不必要的副损伤。