宫颈囊肿一般都不会变成子宫颈癌，但宫颈的腺癌表面无异常，也呈现子宫颈肥大，但深部的子宫颈腺囊肿，也可能是子宫颈癌的临床表现。这需要进行鉴别，一般子宫颈腺囊肿在大多数情况下是子宫颈的生理性变化。
子宫颈转化区内的鳞状上皮、脐带柱状上皮的过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或者蹭入到腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引起流动受阻或潴留，形成囊肿子宫颈局部损伤或者子宫颈慢性炎症并使腺管口狭窄，也可导致子宫颈腺囊肿形成。浅部的子宫颈腺囊肿检查见子宫颈表面突出，单个或者多个的青白色小囊肿，这容易诊断，而深部的子宫颈腺囊肿，就需要与子宫颈腺癌进行鉴别。