在巧克力囊肿手术之后，为了避免复发，要吃药物给予相应的治疗，一般连续用药3-6个月，这样就能预防复发。
在术后要定期复查，因为巧克力囊肿主要是子宫内膜异位症所引起，子宫内膜异位症手术之后并不一定切的那么干净。
如果有少量的异位症病灶，随着月经的来潮就会出现出血的现象，可能会导致囊肿症状的出现，所以在临床上用药的目的就是不要来月经，异位症的病灶就不会出现出血，最后萎缩，就达到了不复发的目的。
在巧克力囊肿手术之后除了定期复查，还要在饮食上加强营养，有利于身体尽快康复。