颅内动脉狭窄需要根据引发狭窄的原因来进行治疗，比如引发颅内动脉狭窄最常见的原因是动脉粥样硬化。引发动脉粥样硬化的原因主要是三高，即高脂血症、高血压病和糖尿病，所以先要降脂、降压、控制血糖治疗。
如果颅内的动脉狭窄是炎症或者是寄生虫病导致，还需要针对炎症和寄生虫病来进行治疗。如果颅内动脉狭窄是先天性因素，血管的纤维发育不良导致，这种没有什么特殊的治疗办法。还有一种，比如原发性的颅底异常血管网症Moyamoya，也会引起大动脉的狭窄甚至于闭塞，这种只能是进行搭桥手术来进行治疗。