支原体脑炎会出现支原体感染的表现，主要有发热症状，还会有头痛伴恶心、呕吐、视乳头水肿等脑内压增高的症状，累及到脑膜会表现为脑膜刺激征、颈项强直、克氏征阳性、布氏征阳性，以及损伤大脑半球的部位，会表现出运动障碍、感觉障碍、视野障碍。
同时，支原体脑炎如果累及到边缘系统和颞叶、额叶，会表现出神志淡漠、精神症状、幻觉症状，还会出现癫痫发作，以及一些植物神经的症状。