肾结石的治疗方法有很多种，目前比较常用的微创手术的方法主要是两种，一种叫输尿管软镜，另一种叫经皮肾镜。采取这两种方法主要取决于结实的大小，肾结石的直径如果在2cm以下，这时多数需要采取输尿管软镜的方法。
这个方法是用一条比较长的细的镜子经过尿道外口进入膀胱，再经过输尿管上行一直到达肾的集合系统里面，应用激光把结石打碎。大颗粒用专用的取石网篮取出来，小颗粒就可以由人体自行排出。
如果结石的直径超过2cm，输尿管软镜的方法就不太合适。因为这种方法的效率相对较低，而且因为输尿管的管腔比较细，所以产生较多的颗粒时取起来比较费时间。
如果结石的直径超过2cm，通常要采取经皮肾镜的方法，也就是在腰部直接打一个洞或者打几个洞，进到肾脏的里面，直接采取超声波或者激光的方法把结石取出来。
显然这种方法的管腔更粗，离肾脏更近，所以取石的效率也相对较高，具体采取哪一种方法要根据结石的大小。
这两种方法各有优缺点，输尿管软镜的方法损伤很小，不需要开刀，也不需要打洞，安全系数相对较高。
缺点是结石可能清除的较慢，手术时间较长。经皮肾镜这种方法的优点是离肾更近，取石效率更高，但是缺点就是有创，需要在后腰部打洞，风险也要比软镜大。