单纯低位肛瘘手术不一定切除瘘管，有两种手术方法，一种是切除瘘管的肛瘘切除术，另一种是切开瘘管的肛瘘切开术。
手术方法是在麻醉下，将探针从肛瘘外口向瘘管内探入，将食指放入肛内，触及内口处的探针头后从内口穿出探针，并将探针头引出肛门。
由于单纯低位肛瘘瘘管走行在外括约肌深部以下，用手术刀沿探针直接切开瘘管，这就是肛瘘切开术，如果将瘘管全部剔除就是肛瘘切除术。