如果桥本甲状腺炎甲功正常，仅需要低碘饮食即可。80%的桥本甲炎的患者T3、T4、TSH在正常范围，无需特殊的治疗，仅需要低碘饮食。如果桥本病同时伴有T3、T4升高，TSH降低，而且吸碘率增加，叫桥本甲亢，需要按照甲亢的方法治疗。
如果口服药物治疗需要1.5-2年，60%的患者内科治疗有效，也就是口服药可以治愈，也容易经常复发。如果是桥本甲减，也就是T3、T4降低，TSH升高，患者需要口服优甲乐替代治疗，甚至需要长期替代。