子宫内膜异位囊肿一般多异位在卵巢部位，称为卵巢巧克力囊肿，简称卵巢巧囊，是子宫内膜异位症的最常见表现形式。子宫内膜异位症的其它表现形式，包括盆腔子宫内膜异位结节以及子宫肌腺症。巧囊是最常见的内异症形式，对于巧囊一般要选择手术治疗，行腹腔镜下巧囊剥除术，术后有一定的复发率一般在20%以上。
对于症状严重或者反复发作的巧囊，如果没有生育要求可以同时行子宫切除术，可以降低巧囊的复发。对于最严重的情况，也可以行全子宫加双附件切除，这样就可以避免复发。