婴儿百日咳的治疗方法主要是对症治疗和病因治疗。由于百日咳杆菌所导致的呼吸系统疾病，一般主要表现是阵发性的、持续性的、刺激性的干性咳嗽，有痰时痰量相对黏稠而少。针对于咳嗽可以选择雾化吸入治疗，比如布地奈德雾化液以及胰蛋白酶等，有止咳化痰的功效。另外，适当的给婴儿服用止咳化痰的中成药，比如橘红痰咳液、灯台叶颗粒、小儿清肺化痰止咳颗粒等。病因治疗首选红霉素，可以采取口服或者静脉点滴的方式给药，还可以选择强力霉素、美满霉素等。